Ketentuan ini berpotensi melemahkan beberapa asas fundamental hukum acara pidana.
Pertama, Asas Kepastian Hukum
Ketiadaan pengaturan yang jelas mengenai bentuk perintah akan menimbulkan variasi praktik dan inkonsistensi penerapan. Celah ini dapat dimanfaatkan untuk mengajukan gugatan praperadilan dengan alasan cacat prosedural pada surat perintah penangkapan atau penahanan. Pasal 158 huruf a KUHAP baru memberikan kewenangan kepada pengadilan negeri untuk memeriksa dan memutus sah atau tidaknya pelaksanaan upaya paksa. Jika hakim praperadilan menafsirkan bahwa perintah Penyidik Polri harus tercantum secara eksplisit dalam surat perintah PPNS, maka penangkapan dan penahanan yang dilakukan tanpa memenuhi syarat tersebut dapat dinyatakan tidak sah. Konsekuensinya sebagaimana diatur dalam Pasal 163 ayat (3) huruf b adalah Penyidik harus segera membebaskan tersangka.
Dalam pelaksanaan penerapan KUHAP baru diperlukan peraturan pelaksana yang memberikan kejelasan dan kepastian hukum bagi seluruh pemangku kepentingan agar Pasal 93 ayat (3) dan Pasal 99 ayat (3) KUHAP baru ini dapat diimplementasikan secara efektif tanpa mengorbankan prinsip-prinsip fundamental hukum acara pidana.
Kedua, Asas Akuntabilitas
Jika terjadi gugatan atau tuntutan ganti rugi atas penangkapan atau penahanan yang tidak sah, menjadi pertanyaan siapa yang sesungguhnya bertanggung jawab. Apakah PPNS sebagai pelaksana atau Penyidik Polri sebagai pemberi perintah. KUHAP baru tidak memberikan jawaban tegas atas persoalan ini. Situasi ini menciptakan zona abu-abu akuntabilitas di mana tidak ada satu subjek yang secara utuh dapat dimintai pertanggungjawaban atas tindakan koersif tersebut.
