Persoalan semakin kompleks ketika dikaji dari aspek bentuk perintah Penyidik Polri yang disyaratkan oleh kedua pasal tersebut. KUHAP baru tidak memberikan penjelasan eksplisit mengenai bentuk perintah tersebut apakah bersifat administratif atau yudisial, apakah terintegrasi dalam surat perintah PPNS ataukah dituangkan dalam surat terpisah, serta bagaimana mekanisme pertanggungjawabannya. Ketidakjelasan ini membuka ruang tafsir yang dapat menimbulkan variasi praktik dan inkonsistensi penerapan di berbagai daerah. Jika perintah Penyidik Polri dianggap terintegrasi dalam surat perintah PPNS, maka muncul pertanyaan apakah Penyidik Polri harus dicantumkan dalam surat perintah penangkapan atau penahanan tersebut. Dalam praktik hukum acara pidana yang berlaku selama ini, pejabat yang tidak tercantum dalam surat perintah tidak boleh menjalankan tindakan koersif karena akan menimbulkan cacat formil.
Alternatif kedua adalah perintah Penyidik Polri dituangkan dalam surat perintah tersendiri atau surat persetujuan dan penugasan. Namun konstruksi ini juga menimbulkan masalah konseptual yang tidak kalah rumit. Pertanyaan mendasar yang harus dijawab adalah apakah surat tersebut bersifat delegatif atau hanya otorisasi. Jika bersifat delegatif, maka Penyidik Polri sesungguhnya telah memindahkan kewenangan yang tidak secara tegas diatur dalam KUHAP. Jika hanya bersifat otorisasi, maka tanggung jawab atas tindakan tetap berada pada PPNS meskipun keputusan strategis untuk melakukan penangkapan dan penahanan berasal dari Penyidik Polri. Kondisi ini mengaburkan hubungan antara pemegang kewenangan, pelaksana kewenangan, dan penanggung jawab hukum.
Dari perspektif teori kewenangan dalam hukum administrasi negara, setiap wewenang harus bersumber dari atribusi, delegasi, atau mandat. Bahwa tindakan penangkapan dan penahanan adalah tindakan hukum publik yang membatasi hak asasi manusia, sehingga mensyaratkan legitimasi formil yang ketat. Prinsip due process of law mengharuskan bahwa setiap pembatasan kebebasan seseorang harus dapat ditelusuri secara jelas kepada pemegang kewenangan yang sah dan bertanggung jawab. Pasal 93 ayat (3) dan Pasal 99 ayat (3) KUHAP baru menciptakan konstruksi di mana Penyidik Polri yang tidak tercantum dalam surat perintah penyidikan PPNS justru memiliki kuasa untuk memerintahkan penangkapan dan penahanan. Secara hukum, Penyidik Polri tidak bertindak sebagai pelaksana, tetapi mengendalikan tindakan koersif. Inilah yang menimbulkan anomali pertanggungjawaban, yang memerintah tidak bertanggung jawab langsung atas pelaksanaan, sementara yang bertindak bergantung sepenuhnya pada pihak di luar struktur penyidikannya.
