Ia mengawali karier di Piacenza U19. Lalu, ia promosi ke tim utama dan turut bermain di Serie B.
Pada musim 2009-2010, pemain berdarah Medan ini pindah ke Cagliari. Tampil apik di Cagliari, Nainggolan dipinang AS Roma pada musim 2013-2014.
Ia bermain selama empat musim sebelum pindah ke Inter Milan yang dilatih oleh mantan pelatihnya di AS Roma, Luciano Spalletti.
Baca Juga : Pj Bupati Lotim Minta Kadishub Terus Investigasi Pungli di Lapangan
Semusim di Inter Milan, ia dipinjamkan ke Cagliari yang hanya bertahan selama semusim.
Lalu, ia kembali ke Inter Milan pada musim 2020-2021. Pada musim yang sama, ia pindah lagi ke Cagliari.
Semusim di Cagliari, ia kembali ke negara asalnya Belgia dan membela Royal Antwerp. Pada musim 2022-2023 ia pindah ke SPAL yang bermain di Serie B. (MYM)
Baca Juga : Pemprov NTB Nyatakan Beasiswa NTB Tak Dihapus, Hanya Skema Pembiayaan yang Berbeda
